忍术技能的训练需要从基础分类入手。游戏中的忍者技能主要分为普通攻击、忍术、觉醒技能和奥义四类。普通攻击是基础战斗手段，分为近战和远程；忍术则包含体术、幻术、通灵术等特色分支；觉醒技能和奥义需达到特定等级解锁，具有高伤害或特殊效果。技能搭配需遵循攻击与防御结合、技能互补、把握释放时机三大原则，例如体术适合近战爆发，幻术侧重控制，通灵术则用于关键辅助。通过战斗积累经验或使用忍术经验丹可快速提升技能等级。
木叶隐村、鬼鲛村、雾隐村等地图设有专属训练场，如忍术场、幻术训练场等，可针对不同属性忍术进行专项练习。忍术训练场活动要求玩家按固定手势顺序快速完成结印，耗时越短评分越高，第四关需记忆最多手势组合。实战中可通过挑战副本、参加忍术大会积累经验，副本击败强敌可获得忍术点数，而竞技玩法能与其他玩家切磋提升应变能力。研究收集的忍术秘籍也是强化技能的途径，高级秘籍往往隐藏在遗迹或秘境中。
有效连招包括普通攻击接忍术、忍术接觉醒技能等组合，例如千鸟锐枪命中后追加豪火球可提升伤害。查克拉作为能量基础，需通过呼吸练习和经络控制来维持供给，修炼方式包括慢跑提升心肺功能、深蹲增强腿部力量等体能训练。游戏内设置查克拉显示条，按J键可打开忍术技能树查看结印组合，结印音效和动作还原度较高，但需注意高清修复插件可能影响动作呈现。
该模式包含基础、进阶、实战三种训练类型，41级开放进阶训练，46级解锁实战训练。基础训练涵盖目标选择、手位站位、查克拉掌控等科目，例如手位训练要求精确把握鸣人奥义在第二回合4手位的释放时机。限时训练关卡需采用特定策略，如点燃训练首回合释放鸣人奥义，次回合用佐助奥义攻击丁次。通过集训可获得封印碎片等奖励，每日中午11点至13点等时段记得领取体力补给以持续训练。
需定期强化装备与忍具，优先升级天赋再提升装备，最后培养通灵兽。组织叛忍追击和角斗场每日必做，前者提供声望后者产出金币。扫荡副本时注意20倍经验兵粮每半小时恢复1个，上限24个需合理分配。排行榜点赞可获得铜币奖励，随等级提升收益增加。服务器卡顿时建议关闭其他后台程序，避免影响替身反打等关键操作。通过忍者特性研究，如勘九郎傀儡的随机位置机制，可进一步优化战斗表现。
