隐藏的秘密和彩蛋是游戏体验的重要组成部分，许多玩家通过探索这些内容获得独特的成就感。游戏中的秘密区域通常隐藏在不起眼的角落或需要特定条件触发，例如雨林的秘密花园位于第二张图的右侧山坡，需穿过亭子并找到水池才能进入。类似的隐藏地图还包括云野的幽光山洞、禁阁顶楼的办公室以及霞谷的星空海，这些区域往往包含特殊道具、先祖记忆或烛火收集点，为玩家提供额外的探索乐趣。
除了隐藏地图，游戏中的先祖位置也是探索的重点。每个地图都分布着多位先祖，解锁他们的记忆可以获得动作、装扮等奖励。例如禁阁的灵语者先祖可兑换白色斗篷，而云野的八位先祖各自代表不同的特质，如智慧之光、飞行者之心等，找到他们需要仔细观察环境线索或完成合作任务。部分先祖的解锁还需要多人协作，比如双人门或八人机关，这进一步增强了游戏的社交互动性。
季节性活动和限时任务同样是秘密探索的重要部分。游戏会定期推出节日主题的隐藏内容，如圣诞先祖出现在办公室小蓝身边，或重组季的先祖位置通过特定挑战解锁。这些活动往往附带独特的装扮和道具，玩家需在限定时间内完成相关任务才能获取。献祭路线中的隐藏爱心、伊甸之眼的光桥冥想点等细节设计，也为深度探索者提供了意外惊喜。
游戏的解谜机制与场景互动进一步丰富了秘密探索的层次。玩家需要通过飞行技巧、环境机关或道具组合来触发隐藏内容，例如雨林老奶奶做饭区域的烛火收集、墓土烤螃蟹的互动玩法等。音乐和美术风格的巧妙结合也让这些秘密区域更具沉浸感，比如幽光山洞的蝴蝶群与瓦罐储物架，或是星空海的时空裂隙，均通过视听元素暗示其背后的故事线索。
无论是共享空间编辑、多人合作任务，还是通过石凳或椅子与其他玩家交流线索，这些设计都鼓励玩家共同发掘游戏的深层内容。隐藏爱心、无翼卡位等技巧性操作也依赖玩家间的经验分享，使得光遇的探索过程始终充满未知与协作的乐趣。
