元气骑士中存在需要通过特定条件触发的隐藏地图，主要为沼泽与墓穴两个特殊关卡，它们并非在普通流程中直接可见，需要玩家在对应的主题关卡中满足特定前置要求方能进入。
沼泽隐藏关卡位于森林主题关卡中，其进入方法的核心在于在普通房间中找到奉献池并进行武器献祭。玩家在森林关卡的房间内发现奉献池后，需要将身上的武器投入池中，献祭的价值由武器品质决定，白色品质武器提供1点，绿色品质提供2点，以此类推，当累计献祭值达到5点后，该次关卡关底的Boss将固定变为变异的哥布林祭祀。击败这个变异Boss后，场景中会出现一个紫色的传送门，进入其中即可抵达隐藏关卡沼泽。
墓穴隐藏关卡则关联着遗迹地图，进入的关键在于击败1-5的Boss后解开一个额外的石盘谜题。当玩家在遗迹地图中击败1-5的Boss后，会发现一个地图上未标注的额外房间，进入该房间并与内部的石门交互后，地面会出现一个带有五个石块的石盘谜题。玩家需通过移动，将符号相同的石块两两连接起来，且连接路径必须经过盘上所有的格子，解谜成功即可打开石门并出现通往隐藏关卡墓穴的传送门。
成功进入并挑战这些隐藏关卡，除了能体验独特的关卡内容，还能获得对应的专属奖励与成就。通关沼泽关卡可能获得特殊磁带并解锁成就，而无伤通关更能获得组合增益效果；通关墓穴关卡则可能获得生物质、圣骑士技能碎片等奖励，无伤通过亦有额外增益。需沼泽关卡内部环境带有减速效果，而墓穴关卡则布满会令玩家掉血的陷坑，挑战时需格外留意。
