玩家可以捕捉的神兽总数超过15种，包括传说中的三圣鸟（急冻鸟、闪电鸟、火焰鸟）、超梦、梦幻、洛奇亚、凤王等经典神兽，以及三圣兽（雷公、炎帝、水君）和代欧奇希斯等特殊存在。这些神兽分布在游戏的不同区域，部分需要满足特定条件才会出现，例如完成主线任务或持有特殊道具。神兽的等级普遍在Lv30至Lv70之间，其中超梦和洛奇亚的等级最高，均为Lv70，而迪奥西斯的等级最低，仅Lv30。
双子岛是急冻鸟和冰神柱的栖息地，玩家需通过推岩石阻挡急流才能到达最深处；火焰鸟位于火焰山山顶，古拉顿则隐藏在山脚下的地下区域；无人发电厂深处可遭遇闪电鸟和钢神柱。第八座彩虹岛的右下方有Lv70洛奇亚，左上方则栖息着同等级的凤王。超梦需在完成红蓝宝石任务后于华蓝洞窟最深处挑战，而梦幻则需在红莲岛持有秘密钥匙的建筑物内触发。三圣兽（雷公、炎帝、水君）需击败四大天王后随机出现在关东地区的草丛中，其出现与初始选择的御三家种类相关。
首先需将目标血量削弱至红色状态，并施加睡眠或麻痹等异常状态以提高捕捉率。大师球可直接捕获，但数量有限；时间球在战斗超过30回合后效果最佳。急冻鸟所双子岛需按上→右→下→左顺序推石头堵住瀑布，错误操作可能导致路径重置。部分神兽如迪奥西斯需完成拼图谜题，而冰神柱和钢神柱的出现位置具有随机性，需反复探索。
急冻鸟为冰+飞行属性，弱火与电系技能；闪电鸟为电+飞行属性，弱岩石与冰系；超梦为超能力属性，需恶系宝可梦应对。队伍中建议配备多种属性宝可梦，并携带状态技能如催眠术或电磁波。黄金喷雾可降低遇敌概率，而好运来道具能增加神兽出现几率，尤其在802版本中需按神兽等级调整喷雾使用。
游戏后期可通过船票前往诞生之岛获取迪奥西斯，或通过特殊事件触发雪拉比（3号岛左侧森林）和吉拉奇（幽灵塔顶楼）的遭遇。岩神柱、红蓝水督等神兽的分布更为隐蔽，需结合冲浪、怪力等秘传技能探索。部分神兽如海皇牙需通过钓鱼获得，而天空之龙（裂空座）仅出现在冠军之路第二层，这些设计增加了探索的深度与挑战性。
口袋妖怪火红的神兽系统兼顾经典与创新，通过多样化的分布设计与捕捉条件，为玩家提供了丰富的收集体验。合理规划队伍、道具及探索路线是成功捕获神兽的关键，而版本差异（如802版新增神兽）也值得玩家关注。
